Le préfet des Bouches-du-Rhône , représentant du Gouvernement, dirige les services de l’État dans le département, à l’exception des services de police et de gendarmerie, de l'inspection académique et de la direction départementale des finances publiques qui ne relèvent que partiellement de son autorité. Il reste seul chargé du contrôle administratif des collectivités et de leurs établissements, et de l’exercice des missions régaliennes de l'État.
Dans les Bouches-du-Rhône, le décret n° 2012-1151 du 15 octobre 2012 , institue un poste de préfet de police des Bouches-du-Rhône . Il s'agit, avec le préfet de police de Paris, du seul préfet de police de plein exercice en France.
Le préfet de police a la charge de l'ordre public dans le département des Bouches-du-Rhône et assure les missions de police administrative concourant à la sécurité intérieure.
Le préfet des Bouches-du-Rhône s'appuie, pour mettre en œuvre les politiques publiques dans le département, sur :
Trois directions départementales interministérielles
Trois unités départementales (UD) de directions régionales
Trois services déconcentrés
Retrouvez le rapport d'activités 2017 des services de l’État dans les Bouches-du-Rhône :